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Analyse des mécanismes de résistance
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Etude de clonalité
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Les entérobactéries productrices de carbapénèmase (EPC) restent rares en France. Elles doivent cependant être activement recherchées par les laboratoires de biologie médicale, publics ou privés, et faire l'objet d'un signalement (portail eSIN : Déclaration des BHRe).
1) Quelles souches adresser au CNR ? cliquez ici pour connaitre les critères détaillés d'envoi
Avec les développements récents dans les méthodes de diagnostic des EPC, certains laboratoires sont parfaitement en mesure de détecter efficacement et d’identifier eux-mêmes les EPC. Cependant, afin de pouvoir évaluer l’ampleur des phénomènes épidémiques par rapport aux cas dits sporadiques et d’étudier l’épidémiologie à l’échelle nationale (notamment pour adapter les tests diagnostic), le CNR souhaite recevoir :
- Toutes les souches EPC responsable d'infection
- Pour les souches de dépistage : uniquement la première souche suspecte d'EPC pour chaque nouveau patient (une seule souche par patient, la première isolée quelle que soit l’espèce)
2) Modalités d’envoi des souches
a) Chaque souche envoyée au CNR devra être enregistrée directement sur le site du CNR (https://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/). Le prélèvement doit nous parvenir dans les 30 jours suivant l’enregistrement de la demande.
L’accusé de bonne réception des souches et la diffusion des résultats se faisant uniquement par courriel, une adresse email valide doit être fournie. Afin d’optimiser le rendu des résultats, nous vous conseillons d’utiliser une adresse email « générique » pour le laboratoire (accessible par l’ensemble des biologistes du laboratoire). Une adresse email « générique » sera toujours préférée à une adresse personnelle.
b)· A compter du 1er décembre 2024, les souches à destination du CNR doivent être repiquées en écouvillon avec milieu de transport (EswabTM)
· Les contenants indiqués en rouge autre que EswabTM ne seront plus acceptés par le CNR à compter du 1er janvier 2025
c) Les souches doivent être envoyées dans un triple emballage selon la réglementation en vigueur pour le transport des échantillons infectieux.
3) Modalités d’expertise des souches et rendu des résultats
De façon générale, la procédure est la suivante :
a) Accusé réception de la souche par email lors de l’enregistrement de la souche par le CNR
b) Le séquençage du gène codant pour la carbapénèmase, variant exact et séquence type (ST), sera effectué le plus rapidement possible. Le délai des résultats définitifs peut prendre jusqu’à 3 semaines. (NB : les données de séquençage pourront être partagées à tout laboratoire qui en ferait la demande pour ses propres souches)
Vous serez destinataire du résultat complet DÈS SA DISPONIBILITÉ. Ce résultat sera et restera également disponible sur le serveur de résultat.
* CMI réalisées systématiquement sur les souches hors prélèvements de dépistage en environnementaux (depuis le 1/04/2024)
• Aztréonam - Aztréonam+avibactam - Amikacine
•Céfépime-Céfépime+enmétazobactam - Céfépime+taniborbactam - Céfépime+zidebactam
• Ceftazidime - Ceftazidime+avibactam
• Ceftolozane+tazobactam - Ciprofloxacine - Colistine
• Ertapénème - Eravacycline - Gentamicine
• Imipénème - Imipénème+relebactam - Levofloxacine
• Méropénème - Méropénème+vaborbactam
• Témocilline - Tygécycline
CMI Céfidérocol pour NDM, VIM et IMP uniquement