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Les Laboratoires

 

 

Quelles souches envoyer au CNR ?

Depuis plusieurs années, les souches d’entérocoques résistants aux glycopeptides (ERG) diffusent dans nos hôpitaux, posant un véritable problème de santé publique. En France, la plupart de ces souches appartiennent à l’espèce Enterococcus faecium (~95 %) tandis qu’environ 5 % d’entre elles sont des Enterococcus faecalis. La résistance est principalement due à l’acquisition des opérons vanA ou vanB tandis que vanD est possible mais rare. Le succès épidémique des souches d’E. faecium est dû à la dissémination de souches appartenant à un complexe clonal particulier (CC17) qui sont bien adaptées à l’environnement hospitalier. La quasi-totalité des souches CC17 sont généralement résistantes à haut niveau à l’ampicilline et aux fluoroquinolones et possèdent une séquence d’insertion spécifique (IS16) dans leur génome, ce qui permet leur détection rapide. Enfin, il est à noter que l’identification phénotypique est quelquefois délicate entre les espèces du genre Enterococcus alors que les conséquences cliniques sont différentes. Il est notamment essentiel d’identifier de façon précise les espèces présentant une résistance naturelle de bas niveau aux glycopeptides (E. gallinarum, E. casseliflavus) mais pour lesquelles aucune conduite n’est à mettre en œuvre.

Une autre activité est la surveillance des souches de streptocoques et entérocoques présentant des phénotypes de résistance particuliers aux autres familles d’antibiotiques (notamment macrolides et apparentés) et aux nouvelles molécules (notamment linézolide, tigécycline et daptomycine).

Ainsi, les biologistes peuvent adresser au CNR de la Résistance aux Antibiotiques – Laboratoire Associé Entérocoques :

- Les souches d’entérocoques résistantes à la vancomycine (CMI >4 mg/L) et/ou à la teicoplanine (CMI >2 mg/L) pour identification/antibiogramme, détection des gènes de résistance et/ou typage (IRTF, WGS)

- Les souches d’entérocoques résistantes au linézolide (CMI >4 mg/L) pour identification/antibiogramme, détection des mécanismes de résistance et/ou typage (IRTF, WGS)

- Les souches d’entérocoques ou de streptocoques montrant un profil de résistance particulier aux autres antibiotiques

 

Comment envoyer les souches ?

Les souches doivent être conditionnées dans des milieux de transport appropriés (tubes gélosés) correctement identifiés.

Les tubes doivent être dans un triple emballage selon la réglementation en vigueur pour le transport des matières infectieuses (transport à température ambiante). Etiquette à coller sur l’emballage extérieur.

La fiche de renseignements (cf ci-dessus), téléchargeable sur ce site, doit être remplie en donnant le plus de précisions possibles. Il est également recommandé de joindre une copie des résultats de l’antibiogramme obtenus par le laboratoire.