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Les Laboratoires

 

 

Pseudomonas aeruginosa : quelles souches envoyer au CNR ?

L’émergence de souches de P. aeruginosa produisant des ß-lactamases à spectre élargi (de type PER, OXA, SHV, TEM, GES, VEB) ou/et des carbapénémases (de type VIM, NDM, IMP, GES...) représente aujourd’hui un véritable problème de Santé Publique en raison du risque de diffusion, à la fois de ces souches et de leurs mécanismes de résistance (plasmides, transposons) en France.

Ces souches peuvent être detectées à l'aide d'un antibiogramme par diffusion en milieu gélosé (voir algorithmes BLSE et carbapénèmase), eventuellement complété par un antibiogramme réalisé sur gélose Mueller-Hinton additionnée de 2000) mg/L de cloxacilline. Sur ce milieu, les mutants "déréprimés", surproduisant la céphalosporinase naturelle AmpC, retrouvent tout ou en partie de leur sensibilité aux β-lactamines à l'exception du méropénème si la porine OprD est altérée.

Les biologistes sont invités à adresser au CNR de la Résistance aux Antibiotiques :

- Toute souche résistante au ceftolozane/tazobactam (diamètre d'inhibition < 23 mm ou CMI > 4 mg/L, déterminée par microdilution en milieu liquide)

- Toute souche résistante à imipénème/relebactam (diamètre d'inhibition < 22 mm ou CMI > 2 mg/L, déterminée par microdilution en milieu liquide)

- Toute souche résistante au céfidérocol (CMI > 2 mg/L, déterminée par microdilution en milieu liquide)

- Toute souche résistante à la colistine (CMI > 2 mg/L, déterminée par microdilution en milieu liquide)

- Toute souche résistante à tous les antibiotiques, ou presque, parmi les bêta-lactamines, aminosides ("contact au disque") et fluoroquinolones

- Toute souche productrice de carbapénèmase et/ou BLSE

 

Acinetobacter baumannii : quelles souches envoyer au CNR ?

La diffusion de souches multi-résistantes produisant des carbapénèmases (principalement OXA-23, OXA-72 et NDM-1) est devenue inquiétante en France.

Afin de mieux analyser l'ampleur du phénomène sur le territoire national et permettre la mise en place de mesures de contrôle adaptées, les biologistes sont invités à adresser au CNR de la Résistance aux Antibiotiques :

- Toute souche non sensible à l’imipénème (diamètre d’inhibition < 24 mm ou CMI > 2 mg/L) et/ou au méropénème (d < 21 mm ou CMI > 2 mg/L) ;

- Toute souche résistante à tous les antibiotiques ou presque parmi les bêta-lactamines, aminosides (contact au disque), fluoroquinolones, tétracyclines et/ou cotrimoxazole ;

- Toute souche résistante à la colistine (CMI > 2 mg/L déterminée par microdilution en milieu liquide).

 

Il est rappelé que :

- Les souches de A. baumannii sont naturellement résistantes à l’ertapénème;

- La résistance non-enzymatique aux carbapénèmes (perte de porine, efflux actif) n'a pas été démontrée chez A. baumannii ;

- La production de bêta-lactamase à spectre élargi (BLSE) et/ou de carbapénèmase est suspectée lorsque la sensibilité à la ceftazidime (d ≥ 18 mm ou CMI ≤ 8 mg/L) n'est pas restaurée sur un milieu renfermant 250 mg/L de cloxacilline (inhibiteur de la céphalosporinase AmpC) ;

- D'autres espèces de Acinetobacter peuvent herberger des carbapénèmases, des BLSE et/ou produire des méthylases de l'ARN 16S (ex. A. pittii,...)

 

Remarque :

Lorsque les souches productrices de BLSE et/ou carbapénèmase caractérisées par le CNR sont facilement identifiables phénotypiquement et sont devenues endémiques dans un établissement, seul un isolat sur 3 ou 4 sera envoyé au CNR pour vérification de la stabilité des mécanismes de résistance.

 

Conditions générales de comparaison de souches de P. aeruginosa et A. baumannii

Le CNR est régulièrement sollicité pour des comparaisons de souches de P. aeruginosa et A. baumannii. A l’exception de situations très particulières pour lesquelles l’origine de la contamination d’un patient doit être recherchée (par exemple, dans le cas d’infections gravissimes), le CNR n’effectue pas le génotypage des souches sauvages sensibles.

La comparaison de souches multirésistantes, notamment celles exprimant des mécanismes de résistance émergents, peut être envisagée après accord du CNR. Lorsque cette demande émane de l’ARS ou des CPIAS et sous réserve d’une entente avec le CNR sur le nombre d’isolats à comparer, les analyses sont réalisées à titre gratuit dans le cadre des missions du CNR.

Dans tous les autres cas, les prestations sont payantes sur la base de 135 € par souche lorsque la comparaison implique le séquençage de génomes (méthode de wgMLST). C’est le cas des souches de A. baumannii.

L’analyse des souches de P. aeruginosa par la méthode MLVA (Multiple Locus Variable tandem repeats Analysis) reste pertinente pour étudier une épidémiologie locale ou les isolats d’un même patient, mais s’avère insuffisamment discriminante pour établir des transmissions inter-établissements ou confirmer l’appartenance à un clone épidémique international. Dans ces cas, le séquençage génomique s’impose (wgMLST). En tout état de cause, le choix de la méthode reste à l’appréciation du CNR. Si requise, la facturation d’analyses de type MLVA est faite sur la base suivante : forfait de 135 €  jusqu’à 3 souches, 135 € x 2 jusqu’à 5 souches, 135 € x 3 jusqu’à 7 souches. Les délais de communication des résultats dépendent de l’urgence des situations mais ne peuvent être inférieurs à 8 jours ouvrés. L’estimation des délais est communiquée par le CNR lorsque l’analyse est acceptée. Tout retard dû à des problèmes techniques liés au séquençage génomique sur des plateformes ne peut être imputé au CNR.

L’équipe du CNR reste à votre disposition pour définir la meilleure stratégie de comparaison de souches de P. aeruginosa ou de A. baumannii.

 

Comment envoyer les souches ? cliquer ICI 

- Les souches doivent être conditionnées dans des milieux de transport adaptés (tubes gélosés) correctement identifiés.

- Les tubes doivent être placés dans un triple emballage selon la réglementation en vigueur pour le transport des matières infectieuses (transport à température ambiante). Etiquette à coller sur l'emballage extérieur.

- La fiche de renseignements, téléchargeable sur ce site, doit être remplie en donnant le plus de précisions possibles. Il est également recommandé de joindre une copie des résultats de l'antibiogramme obtenus par le laboratoire.